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泛素化是一种常见的翻译后修饰类型(PTM),目前研究较多的是?#34507;?#37240;K48 位点的泛素化,能够标记受损或错误折叠的蛋白质,随后通过蛋白酶体进行降解。此外,其他?#34507;?#37240;?#35874;?#22914;K63位点的泛素化,则主要介导细胞内信号?#24405;?#21253;括通过自噬的线粒体蛋白质周转更新、蛋白质亚细胞定位和转录调节。之前有关蛋白质泛素化的研究主要集?#24615;?#21322;衰期较短的蛋白质上;而泛素化对长半衰期蛋白质(LLPs)的影响以及对成年人寿命的调节作用尚不清楚。2019年5月21日,来自中国科学院生物与化学交叉研究中心的张耀阳课题组与刘南课题组在国际知名期刊Nature Communications上在线发表了与衰老相关的泛素化蛋白质组学研究成果。作者绘制出果蝇成体的体细胞组织和生殖组织中长半衰期蛋白质的全景图,并证实了H2A泛素化水平的降低,会显著延长果蝇的寿命和健康生存期。该项研究不但发现H2A泛素化是一种进化上保守的衰老标志物,同时还将表观遗传调控与衰老联系起来,为进一步揭示衰老相关疾病或生理性衰退的分子机制,提供可靠的理论依据。作者首先通过哺乳动物稳定同位素标记(SILAM)技?#37232;?#23545;不同年龄段的果蝇组织(头部、肌肉和?#21644;瑁?#20013;的长半衰期蛋白质组,进行了准确的定性和定量 (图1a)。结果显示蛋白质组的表达水平呈现年龄依赖型变化,并且年轻个体和年老个体具有不同的蛋白质周转更新率(图1b)。肌肉、头部和...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 05 - 31
人参皂苷(Ginsenoside)是从五加科植物(人参、西洋参、三七等)中提取和转化出来的一种固醇类化合物,更是天然抗癌活性成分,目前已经?#36824;?#27867;用于癌症辅助治疗。常用的人参皂苷有Rh2、Rg3、Rk2、Rh3、aPPD等。然而能够和靶蛋白互作,发挥抑癌作用的具体人参皂苷成分仍然未知。近几年基于高分辨质谱的蛋白质组学技术已经被成功应用到了多项中药研究中。新技术的发展为更好的解释人参皂苷的抑癌作用机制提供了可能。近日,南开大学药学院白钢教授、侯媛媛?#33519;?#25480;团队在著名学术期刊Journal of Proteome Research上发表论文, 利用TMT蛋白质组学定量技术揭示了人参皂苷的抑癌作用机制。研究人员通过对人参皂苷提取物处理的非小细胞肺癌A549细胞系进行定量蛋白质组学和磷酸化修饰组学分析,发现Ras蛋白在多个功能通?#20998;?#37117;起到了调节作用,预示着它很有可能是人参皂苷中某一成分的靶蛋白。除此之外,研究人员利?#20204;?#21644;质谱技术筛选出三个Ras结合配体,分别为:20(s)-PPD, 20(s)-Rh2 和20(s)-Rg3。文献精读1、人参皂苷处理引起肺癌细胞内大量蛋白和功能通路变化作者分别用人参皂苷提取物(处理组)和DMSO(对照组)对非小细胞肺癌A549细胞系处理6小?#20445;?#28982;后提取全蛋白进行定量蛋白质组学和磷酸化修饰组学(组学策略)。?#24067;?#23450;到5499个蛋白,以及4820个蛋白?#31995;?135个磷...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 05 - 27
蛋白质酰化修饰(Acylation)参与多种生物学过程调控,也是近年来?#29976;?#30633;目的研究热点。从广度上来讲,多种新型酰化修饰被不断发现,且各自在功能和调控机制上有不同的倾向性,展现了这一新兴研究领域的广阔前景;而从深度上来讲,机制的研究愈发精细,从最初的组蛋白调控作用,到如今进展迅速的非组蛋白调控机制,都体现出酰化修饰作为一种广泛存在的修饰类型具有多样的生物学功能。关于乙酰化在非组蛋白中的功能,近年来已有陆续报道,其中很重要的一个层面就是能量代谢的调控。例如在饥饿的条件下,底物浓度乙酰辅酶A的大幅下调和去乙酰化酶SIRT3的高表达,会从两个不同的维度导致整体蛋白质乙酰化修饰水平的下降,并影响一系列代谢酶的功能活性[1-3]。但是有趣的是,这个过程中也会有一些蛋白质出现逆势?#31995;?#30340;趋势。那么,这些“另类”的蛋白,究竟是参与何种作用的呢?5月1日,北京大学基础医学院的罗建沅课题组在Molecular Cell发表了题为Acetylation of PHF5A modulates stress response and colorectal carcinogenesis through alternative splicing mediated upregulation of KDM3A的研究报道,揭示了PHF5A蛋白的乙酰化能够通过调节KDM3A介导的选择性?#32671;校?#26469;调控在细胞应激?#20174;Γ?#24182;结肠...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 05 - 13
已有研究表明茶树是一种喜铵作物,但有关茶树响应铵态氮的巴豆酰化修饰机制至今未见报道。?#34507;?#37240;巴豆酰化修饰(Crotonylation)参与转录调控并能够改变蛋白质的理化性质,其在细胞过程中发挥着重要作用。青?#21495;?#19994;大学丁兆堂教授团队以一年生的青农3号茶树?#20998;?#20026;材料,对茶树铵态氮缺乏/复供条件下非组蛋白巴豆酰化修饰的响应机制进行了?#25945;幀estern Blotting分析表明茶树叶片中的蛋白质普遍存在巴豆酰化修饰,而且巴豆酰化修饰水平在铵复供3小时和3天时具有明显变化,这表明在铵复供后茶树叶片中蛋白质发生了明显的?#34507;?#37240;巴豆酰化修饰。该研究发现,在铵复供条件下,茶树叶片中的971种蛋白质上存在2288个?#34507;?#37240;巴豆酰化修饰位点。其中,大多数巴豆酰化修饰蛋白位于叶绿体和细胞质中。与铵缺乏相比,在铵复供3小时和3天分别有120和151个巴豆酰化修饰蛋白差异表达。这些修饰蛋白主要参与茶树初级代谢过程,如光合作用(PsbO、PsbP、Pbs27,PsaN、PsaF和FNR),碳固定(rbcs、TK、ALDO、PGK和PRK)和氨基酸代谢(SGAT,GGAT2,SHMT4和 GDC)。通过对差异表达巴豆酰化修饰蛋白进行分析,发现这些蛋白质主要富集在巴豆酰化修饰介导的光合作用、碳固定和氨基酸代谢通?#20998;校?#24182;形成密切的相互作用网络。值得关注的是,大量发生了巴豆酰化修饰的酶,如Rubisco、TK、...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 05 - 13
景杰学术/精选大家好,PTM BIO作为蛋白质修饰类抗体?#30446;?#25299;者,开发出大量高质量?#37226;?#26080;二的蛋白质修饰泛抗体以?#30333;?#34507;白修饰抗体。经过多年耕耘,PTM BIO在业内积累了良好?#30446;?#30865;,大量PTM BIO抗体应用文献见诸报道。今天小编摘取2019年第一季度发表的代表性PTM BIO蛋白质修饰抗体应用文?#31069;?#20197;飨读者。01Nature Communications:丙二酰化调节GAPDH与mRNA之间的结合促进炎症关键信号相关产品:丙二酰化泛抗体PTM-901,丙二酰化泛抗体偶联树脂PTM-904应用:Western Blot,Immunoaffinity Chromatography.来自?#21450;亓质?#19977;一学院和GSK的研究人员合作,首次关注?#21496;?#22124;细胞-炎症?#20174;?代谢-丙二酰化修饰之间的密切关系。研究人员通过对小鼠骨髓来源的巨噬细胞进行脂多糖(LPS)处理。在LPS处理下,巨噬细胞中丙二酰辅酶A含量显著上升,并激活细胞内蛋白乙酰化修饰。研究者进行丙二酰化修饰组学分析(修饰组学应用丙二酰化修饰泛抗体树脂,相关产品),?#24067;?#23450;到412个蛋白?#31995;?43个发生了丙二酰化修饰的位点。 02Cell Death & Disease:P53 β-羟基丁酰化修饰减弱其肿瘤抑制功能相关产品?#23475;?羟基...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 04 - 25
解?#31890;?#26223;杰学术评述:?#35910;?#24378; 教授 (河南农业大学)编者按:随着蛋白质组学技术的发展,翻译后修饰研究成为近年来炙手可热的研究新热点,在癌症、疾病机理、免疫、植物生理等领域广泛运用。近日蛋白质组学Top期刊MCP上发表河南农业大学?#35910;?#24378;教授课题组的最新成果,研究通过对植原体感染的毛泡桐进行了乙酰化修饰组学和琥珀酰化修饰组学分析,首次从蛋白质翻译后修饰的角度阐述丛枝病的发生机理。我们有?#24050;?#35831;到文章通讯作者?#35910;?#24378;教授对文章进行评述,分享开展研究的思路与科研价值。泡桐树原产于我国,迄今已有超过2000年?#32792;?#21382;史,既有很高的园林观?#22270;?#20540;,又可用以?#35889;?#23478;具、?#21046;?#31561;实现经济价值。由植原体侵染所引起的丛枝病是泡桐树分?#30002;?#24191;泛的一种病害,它可以?#33519;?#23548;致泡桐的死亡,从而造成?#29616;?#30340;经济损失。植原体是一类不具有细胞壁的原核生物,属硬壁菌门(Firmicutes), 柔膜菌纲(Mollicutes), 由于缺乏侵染泡桐的植原体基因组信息,关于侵染过程的病原菌-寄主互作机制研究较为缺乏。随着组学技术的发展,越来越多的证据显示在植原体侵染的过程中,泡桐可以通过在转录,翻译,代谢等层面调节体内的代谢过程来实现寄主存活的目的。然而,蛋白质的翻译后修饰是否在这个过程中发挥作用,目前知之甚少。蛋白质的翻译后修饰与植物病理,植物生理等都有密切的关系。尤其?#34507;?#37240;乙酰化,琥珀酰化等酰化修饰类型,在代谢过程中发挥重要的...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 04 - 22
景杰学术/解读铬是一种重要的重金属,已广泛应用于工业,如电镀,木材防腐,钢铁合金生产,皮革?#20998;?#21644;色素沉淀等。六价铬Cr(VI)为吞入性毒物/吸入性极毒物,易被人体吸收,可通过消化、呼吸道、皮肤及粘膜侵入人体,长期或短期接触或吸入时有致癌危险,对环境有持久危险性。目前,处理Cr(VI)污染的最有效方法是将Cr(VI)转化为毒性低得多的三价铬[Cr(III)],除各种化学或生物学方法外,通过微生物进行生物修复是一种?#29976;?#26399;待的污染处理策略。Shewanella oneidensis MR-1,是一种异化金属还原菌。它能够在有氧或厌氧条件下将Cr(VI)还原为Cr(III)。湖南大学环境科学与工程学院杨朝晖课题组与中国科学院城?#35874;?#22659;研究所肖勇课题组等,运用TMT标记方法结合高通量质谱的方法,通过比较未暴露与长期暴露于Cr(VI)的S. oneidensis MR-1,研究揭示了该微生物在长期Cr(VI)胁迫下的还原作用和抗性机制,有助于我们通过长期适应环境进行有效的生物修复和环境风险评估。研究成果近日发表在Environment International (IF=7.297)杂志上。景杰生物为该研究的蛋白质组学定量检测与分析提供了技术支持。研究速读1. 样本策略与微生物的培养本研究使用的菌株是S. oneidensis MR-1,一组不加入Cr(VI),另一组则加入Cr(VI)...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 04 - 19
先天免疫应答的激活对于维持免疫稳态和消除入侵病原体至关重要,其涉及多种信号传导途径调节和翻译后修饰。PTM是基因表达调控的组成部分,迄今为止,已经鉴定了 200种不同的PTM,其影响信号调节的不同方面。 PTM还在先天免疫应答期间充当细胞信号转导的关键调节作用。除了已经在细胞信号传导途径中广泛阐明的常规PTM(例如磷酸化和泛素化)之外,其他非常规PTM(例如乙酰化、琥珀酰化、丙二酰化等)越来越多地被证明可以控制先天免疫和炎症?#20174;Α?019年3月6日,曹雪涛等人在Journal of Experimental Medicine杂志在线发表题为“KAT8 selectivelyinhibits antiviral immunity by acetylating IRF3”的文章,该文章揭示了KAT8和IRF3?#34507;?#37240;乙酰化在抑制抗病毒先天免疫中的关键作用。为了确定MYST家族蛋白在抗病毒先天免疫中的潜在作用,研究人员使用针对5个MYST成?#20445;↘AT5,KAT6A,KAT6B,KAT7和KAT8)的siRNA进行功能筛选,以观察对小鼠?#39592;?#24040;噬细胞中IFN-β产生的影响。 仅发现KAT8的敲低能显著增强由水疱性口炎病毒引发的IFN-β的产生。此外,骨髓来源的DC中的KAT8缺乏增加了由VSV,SeV或HSV-1感染诱导的IFN-α和IFN-β的mRNA和蛋白质水平,但不增...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 03 - 11
丙二酰化是于2011年被首次发现的发生在?#34507;?#37240;?#31995;?#19968;种进化保守的蛋白质翻译后修饰(PTM)类型。它的发生依赖于丙二酰辅酶A将丙二酰基团添加到?#34507;?#37240;并将其电荷从+1更改为?1。这一变化有可能破?#36947;蛋?#37240;与其他氨基酸的静电相互作用并改变蛋白质构象,甚?#37327;?#33021;影响其与靶蛋白的结合。尽管丙二酰化已经被证实存在于多种代谢途径中,比如脂肪酸合成和氧化,线粒体呼吸和糖酵解等等。然而,更深入的丙二酰化修饰相关生理功能还鲜有报道。近日,来自?#21450;亓质?#19977;一学院等机构的研究人员在国?#39318;?#19994;学术期刊Nature Communications上发表论文,首次关注?#21496;?#22124;细胞-炎症?#20174;?代谢-丙二酰化修饰之间的密切关系。研究人员通过对小鼠骨髓来源的巨噬细胞进行脂多糖(LPS)处理并进行丙二酰化修饰组学分析,?#24067;?#23450;到412个蛋白?#31995;?43个发生了丙二酰化修饰的位点。尤其值得注意的是,作者鉴定到GAPDH?#31995;睦蛋?#37240;213位点发生丙二酰化修饰。正常情况下,GAPDH结合并抑制几种炎症相关mRNA的翻译,包括编码TNFα的。一旦GAPDH发生丙二酰化修饰,其与编码TNFα的mRNA分离,促进翻译。因此这项研究首?#38382;?#21035;到丙二酰化可作为调节GAPDH与mRNA之间的结合来促进炎症的关键信号。景杰生物作为蛋白质组学、蛋白质修饰组学的领跑者,承担并完成项目中的丙二酰化修饰组学定量,以高质量的组学技术服务助力研?#25239;?#20316;。 研究精...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 03 - 11
景杰生物/报道 编者按:2019年1月25日,四川大学(Sichuan University)华西附二院在国际知名期刊Nature Communications上在线发表文章,题为:Loss-of-function mutations in QRICH2 cause male infertility with multiple morphological abnormalities of the sperm flagella。研究者在2个近亲结婚家系中,发现2名精子鞭毛多发形态异常(MMAF)的不育患者,经过全外显子组测序和分析,发现两名患者均存在QRICH2基因的纯合无义突变。随后研究者利用基因敲除技?#37232;?#26500;建了Qrich2基因的KO小鼠,发现Qrich2 KO小鼠表现出MMAF表型, 证明QRICH2为MMAF新的致病基因。同时通过TMT定量蛋白质组学方法并结合功能实验,证实QRICH2能够稳定并?#31995;?#19982;精子鞭毛结构发育相关的蛋白,揭示其在精子鞭毛形成过程中的重要作用。精子缺陷是男性不育的?#33519;?#21407;因,包括精子数量减少、能动性降低和形态异常。研究表明超过80 %的男性不育是由精子能动性受损引起的,而精?#26377;?#24577;对精子移动起了至关重要的作用。有缺陷的精?#26377;?#24577;涉及精子头部、颈部、中?#20301;?#23614;部的多种表型。其中,精子鞭毛的多发形态异常( MMAF)包括卷曲、弯曲、不规则、短或/和...
发?#38469;?#38388;: 2019 - 01 - 28
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