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LNCRNA研究策略

              

 

一、 lncRNA筛选:

 

  • 1. 通过lncRNA芯片或RNA测序等方法对多对疾病模型和对照样本组织进行lncRNA表达谱分析;
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  • 2.通过生物信息学的方法筛选出具有表达差异的lncRNA,构建共表达网络,预测lncRNA的靶基因;
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  • 3.通过PCR或NorthernBlot技术对候选lncRNA验证,确定其表达差异。

 


二、lncRNA确定:

 

  • 1.通过5'RACE获取lncRNA5'全长,3'RACE获取lncRNA3'全长,最终拿到完整的lncRNA序列


三、表达分析:

 

  • 1.细胞水平表达:在细胞水平进行检测表达差异。
  
  • 2.组织分布:检测不同组织、不同阶段表达特性。
  
  • 3.表达水平动力学变化:比较不同处理条件下,如药物处理、诱导处理下,表达水平差异。
     


四、 功能研究:

 

  • 1.功能获得性研究:构建lncRNA过表达载体:原则上是将全长lncRNA定向克隆到表达载体上实现lncRNA的过表达。?#27426;?#26377;些lncRNA很大或全长尚未分离,这时将视lncRNA在 基因组上 的定位采取不同的研究策略。
  •  
     
  • 2.功能缺失性研究:可通过siRNA、shRNA、反义核酸等方法沉默lncRNA,干预lncRNA后检测其对疾病相关基因表达的影响和对细胞表型如增值、凋亡、侵袭、转移等的影响;
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  • 3.采用RNApulldown、RNA-RIP(RNABindingProteinImmunoprecipitation)、ChIRP-seq(ChromatinIsolationbyRNAPurification)等方法检测与lncRNA结合的DNA、RNA、蛋白质。
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  • 4.采用lncRNA芯片分析技术结合mRNA对lncRNA功能进行预测,研究lncRNAtrans和cis作用机制。
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  • 5.采用配体指数级富集系统进化技术(systematicevolutionofligandsbyexponentialenrichment,SELEX),设计一种RNA配体,与癌症相关的lincRNA结合达到抑制肿瘤细胞的生长和转移。
  •  
  • 6.采用快速预测RNA与蛋白质相互作用与结构域(catRAPID)在线算法来预测RNA与蛋白?#23454;?#30456;互作用,该算法根据RNA和蛋白?#23454;?#20108;级结构、氢键?#22836;?#23376;作用力来评估它们之间的相互作用的倾向。
  •  
  • 7.采用非编码RNA沉默和定位分析(c-KLAN)技术对lncRNA进行功能缺失(Loss-of-function)研究和细胞定位,该技术是在基于核糖核酸内切酶制备的小干扰RNA(esiRNA)和荧光原位杂交(FISH)2种现有的研究方法的基础上建立起来的。


五、 表达调控?#33322;玪ncRNA表达与其他领域相结合,解释lncRNA调控机理。

 

  • 1.DNA甲基化:可通过检测相应基因甲基化差异与lncRNA结合分析。
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  • 2.转录因子:研究lncRNA与转录因子的调控机制。
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  • 3.染色质重塑:lncRNA表观调控。

 
六、LncRNA研究案例:

 

 

七、lncRNA的研究背景及其与疾病的关系

 

 

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